雖然全球所有的單一麥芽威士忌蒸餾廠都使用同樣的生產流程，但每家蒸餾廠各有獨到的做法。正因如此，蒸餾廠的特質－它的DNA，也會體現在每一款單一麥芽威士忌裡。 蒸餾師要在整個流裡中做許多決定，其中關鍵的決定如下圖所示。
蒸餾師要在整個流裡中做許多決定，其中關鍵的決定如下所示。
1. 大麥
所有的蘇格蘭麥芽威士忌都是以發芽大麥、水#1和酵母製成，雖然蒸餾業者偏好使用蘇格蘭大麥，但法律上並未對此強制要求－這樣做是聰明的，因為蘇格蘭的氣候變化莫測。大部分的蒸餾業者相信大麥品種不會影響風味，不過也有人相信一個名為黃金諾言（Golden Promise）的品種，的確會賦予烈酒不一樣的口感。
#1 水
製造威士忌時，蒸餾廠需要大量純淨、低溫的水。因此找到一處穩定的水源至關重要，大部份的蒸餾廠使用泉水，但也有人使用湖水，甚至由城鎮供水。水質可能對發酵效率有些微的影響，但蒸餾業者普遍認為，水並不是影響威士忌最終風味的主要因素。
2. 發麥芽
一粒大麥好比一小包澱粉。發麥芽這個步驟基本上就是把大麥泡在水裡，告訴它現在生長期開始了，讓它在陰涼潮溼的環境下發芽。這時酶會被觸發，把澱粉轉為蒸餾師所需的糖。為了確保能夠取得這些糖，他必須把大麥弄乾，讓它停止發芽。
這裡來到了蒸餾師要做的第一個決定：
2.1 燻窯選項（一）
用熱風烘乾發芽的大麥能夠停止發芽，但不會添加任何風味。
2.2 燻窯選項（二）
第二種選擇是在燃燒泥煤的明火上烘乾大麥。這種方法會為最終成品增添煙燻香氣。泥煤是半碳化的植物，燃燒時會散發芳香的煙，煙中的油（酚）會附著在大麥表面，許多蘇格蘭本土的威士忌含有少量泥煤煙燻味，絕大部分的煙燻麥芽威士忌來自島嶼產區，因為在那裡泥煤一直是家用和生產威士忌的傳統燃料。
3. 磨麥
麥芽送到蒸餾廠磨成粗粉，稱為碎麥芽。
4. 糖化
碎麥芽與攝氏63.5度的熱水在稱為糖化槽的大型容器中混合。熱水和碎麥芽一接觸，澱粉就開始轉化為糖。這種甜甜的液體稱為麥芽汁，之後會從糖化槽多孔的底部濾出。這個程序會再進行兩次，盡可能把糖提取出來。最後一次加入的熱水，會作為下次糖化步驟的第一次用水。
4.1 糖化選項（一）：清澈的麥芽汁
蒸餾師將麥芽汁緩慢地從糖化槽抽出，便能夠得到清澈的麥芽汁，這比較容易製造出不具強烈穀物特質的酒汁。
4.2 糖化選項（二）：混濁的麥芽汁
如果蒸餾師希望生產出不甜，具堅果、穀物特質的酒汁，必須快速抽取麥芽汁，帶入一些糖化槽中的固態物質。
5. 發酵
接下來讓麥芽汁冷卻，然後被抽入稱為發酵槽的發酵容器中，可能為木製或不鏽鋼製。加入酵母後開始發酵#2。
#2 酵母
以蘇格蘭威士忌來說，由於整個產業都採用同一種酵母，因此酵母對威士忌的風味没有影響。但日本蒸餾業者會使用不同品種的酵母，在麥芽威士忌中創造出他們根要的風味。
5.1 發酵選項（一）：短時間
發酵時，酵母會攝取糖，並將它轉化成酒精（這時的液體稱為酒汁），這個過程會在48小時內完成，如果蒸餾師採用「短時間」的選項，最終完成的烈酒會有較突出的麥芽特質。
5.2 發酵選項（二）：長時間
長時間發酵（超過55小時）會發生酯化，生產出較輕盈，更複雜、具果香的風味。
6. 蒸餾A 階段
發酵液的酒精度為 8%（abv，體積酒精度，餘同），之後在銅#3製罐式蒸餾器中蒸餾兩次。第一次在「酒汁蒸餾器」中蒸餾，產出酒精度 23% 的「低度酒」，接著進入「烈酒蒸餾器」再蒸餾。這一次，蒸餾液會被分成三個部份：酒頭、酒心和酒尾。只有酒心會被保留下來進行熟成。酒頭和酒尾會回收，與下一批低度酒一起蒸餾。
#3 銅
銅對威士忌的味道有重要的影響。因為銅會抓住重的元素，蒸餾師可以延長或限制酒精蒸氣和銅之間的「對話」時間，創造出他們所期望的風格。
6.1 蒸餾選項（一）：短時間對話
對話時間愈短，最終的烈酒就愈厚重。使用小型蒸餾器和快速蒸餾，比較容易賦予這種特質。
6.2 蒸餾選項（二）：長時間對話
酒精蒸氣和銅對話的時間愈長，最後的烈酒就愈輕盈。這代表高大的蒸餾器比小型的更能夠生產出輕盈的烈酒。此外，讓蒸餾器緩慢運轉也能延長對話時間。
7. 蒸餾B 階段：冷凝
酒精蒸氣在通過一套裝有冷水的冷凝裝置後，變回液體。在這裡蒸餾師能再一次選擇如何影響風味。
7.1 冷凝選項（一）：殼管式
這是一種高大的柱型冷凝器，內有大量填充冷水的小銅管。當酒精蒸氣接觸到冷銅管，就會變回液體。因為具有較大的銅表面，殼管式冷凝器有助於使烈酒「輕化」。
7.2 冷凝選項（二）：蟲桶式
這是傳統的冷凝方式，使用的是盤繞在冷水槽中的一條長銅管。因為這種方式的銅接觸較少，容易產生較厚重的烈酒。
8. 蒸餾C 階段：切取酒心
當冷凝後的新酒從二次蒸餾器中流入烈酒保險箱，蒸餾師必須將它分成三個部分：酒頭、酒心和酒尾。他在酒頭、酒心與酒心、酒尾間選擇的切取點，對風味也會有影響。
8.1 切取酒心選項（一）：早
在蒸餾過程中，酒的香氣會改變。最初較為輕盈細緻，如果蒸餾師希望製作一款芳香的威士忌，他會較早切取酒心。
8.2 切取酒心選項（二）：晚
隨著蒸餾繼續，香氣加深，變得更富油質和濃郁：煙燻味的酒就是這一種。如果蒸餾師希望製作厚重的酒，就會選擇較晚切取酒心。
9. 熟成
新酒會被稀釋到酒精度63.5%，然後裝入橡木桶中熟成。這些木桶通常都曾經盛裝過波本威士忌或是雪莉酒。分為三個時期：
- 排除期：藉由木桶的幫助，消除刺激性的新酒特質。
- 賦予期：新酒吸收木桶中的風味化合物。
- 互動期：木桶和新酒的風味融合在一起，增加複雜度。熟成時間、木桶的新舊程度和橡木種類都會造成影響。
9.1 木桶選項（一）：波本桶
這種木桶以美國橡木製成，這個樹種具有高含量的風味化合物，能使烈酒具有類似香草、焦糖布丁、松樹、桉樹、香料和椰子的香氣。
9.2 木桶選項（二）：雪莉桶
這種木桶以歐洲橡木製成，能賦予水果乾、丁香、沉香、核桃的香氣。歐洲橡木的顏色較飽和，造成口感不甜的單寧含量也較高。
9.3 木桶選項（三）：二次填充桶
威士忌蒸餾業者可能會重複使用木桶很多次，使用的次數愈多，橡木種類對威士忌的影響愈少。二次填裝桶對展現蒸餾廠特質有重要的作用。實務上，大部分的蒸餾業者會混合三種木桶，以增加風味的複雜度。
9.4 木桶選項（四）：換桶
在一，二或三木桶選項後，蒸餾師能藉由「換桶」為威士忌的風味做最後的修飾。這道手續是把熟成過的威士忌（通常來自波本桶或二次填充桶），在陳放過雪莉酒、波特酒、馬德拉酒、葡萄酒等活性還很高的木桶中進行短時間的二次熟成，為威士忌注入這些木桶的特質。
10. 熟成：時間
威士忌熟成需要時間。邏輯上來說，威士忌在木桶中的時間愈長，木桶對威士忌的影響愈大，最後會壓過威士忌的風味，讓人無法辨別它來自哪家蒸餾廠。活性高的木桶能夠較快產生這樣的效果，而填充過多次的木桶則幾乎沒有效果。酒瓶上標示的年份僅説明了這瓶酒所用的威士忌中酒齡最輕者在木桶中停留的時間，並無法指出木桶的活性高低。老並不就代表好。
11. 裝瓶
到這裡，威士忌終於可以裝瓶了，但還有最後幾個決定要做。
11.1 要經過冷凝過濾嗎？
這個步驟能防止威士忌變濁，但會降低口感。
11.2 要做焦糖調色嗎？
添加焦糖有助於顏色標準化。
11.3 酒精度要多少？
法律規定威士忌的酒精度至少40%，最近「原桶強度」的麥芽威士忌愈來愈受歡迎。