虽然全球所有的单一麦芽威士忌蒸馏厂都使用同样的生产流程，但每家蒸馏厂各有独到的做法。正因如此，蒸馏厂的特质－它的DNA，也会体现在每一款单一麦芽威士忌里。 蒸馏师要在整个流里中做许多决定，其中关键的决定如下图所示。
蒸馏师要在整个流里中做许多决定，其中关键的决定如下所示。
1. 大麦
所有的苏格兰麦芽威士忌都是以发芽大麦、水#1和酵母制成，虽然蒸馏业者偏好使用苏格兰大麦，但法律上并未对此强制要求－这样做是聪明的，因为苏格兰的气候变化莫测。大部分的蒸馏业者相信大麦品种不会影响风味，不过也有人相信一个名为黄金诺言（Golden Promise）的品种，的确会赋予烈酒不一样的口感。
#1 水
制造威士忌时，蒸馏厂需要大量纯净、低温的水。因此找到一处稳定的水源至关重要，大部份的蒸馏厂使用泉水，但也有人使用湖水，甚至由城镇供水。水质可能对发酵效率有些微的影响，但蒸馏业者普遍认为，水并不是影响威士忌最终风味的主要因素。
2. 发麦芽
一粒大麦好比一小包淀粉。发麦芽这个步骤基本上就是把大麦泡在水里，告诉它现在生长期开始了，让它在阴凉潮湿的环境下发芽。这时酶会被触发，把淀粉转为蒸馏师所需的糖。为了确保能够取得这些糖，他必须把大麦弄干，让它停止发芽。
这里来到了蒸馏师要做的第一个决定：
2.1 熏窑选项（一）
用热风烘干发芽的大麦能够停止发芽，但不会添加任何风味。
2.2 熏窑选项（二）
第二种选择是在燃烧泥煤的明火上烘干大麦。这种方法会为最终成品增添烟熏香气。泥煤是半碳化的植物，燃烧时会散发芳香的烟，烟中的油（酚）会附着在大麦表面，许多苏格兰本土的威士忌含有少量泥煤烟熏味，绝大部分的烟熏麦芽威士忌来自岛屿产区，因为在那里泥煤一直是家用和生产威士忌的传统燃料。
3. 磨麦
麦芽送到蒸馏厂磨成粗粉，称为碎麦芽。
4. 糖化
碎麦芽与摄氏63.5度的热水在称为糖化槽的大型容器中混合。热水和碎麦芽一接触，淀粉就开始转化为糖。这种甜甜的液体称为麦芽汁，之后会从糖化槽多孔的底部滤出。这个程序会再进行两次，尽可能把糖提取出来。最后一次加入的热水，会作为下次糖化步骤的第一次用水。
4.1 糖化选项（一）：清澈的麦芽汁
蒸馏师将麦芽汁缓慢地从糖化槽抽出，便能够得到清澈的麦芽汁，这比较容易制造出不具强烈谷物特质的酒汁。
4.2 糖化选项（二）：混浊的麦芽汁
如果蒸馏师希望生产出不甜，具坚果、谷物特质的酒汁，必须快速抽取麦芽汁，带入一些糖化槽中的固态物质。
5. 发酵
接下来让麦芽汁冷却，然后被抽入称为发酵槽的发酵容器中，可能为木制或不锈钢制。加入酵母后开始发酵#2。
#2 酵母
以苏格兰威士忌来说，由于整个产业都采用同一种酵母，因此酵母对威士忌的风味没有影响。但日本蒸馏业者会使用不同品种的酵母，在麦芽威士忌中创造出他们根要的风味。
5.1 发酵选项（一）：短时间
发酵时，酵母会摄取糖，并将它转化成酒精（这时的液体称为酒汁），这个过程会在48小时内完成，如果蒸馏师采用「短时间」的选项，最终完成的烈酒会有较突出的麦芽特质。
5.2 发酵选项（二）：长时间
长时间发酵（超过55小时）会发生酯化，生产出较轻盈，更复杂、具果香的风味。
6. 蒸馏A 阶段
发酵液的酒精度为 8%（abv，体积酒精度，余同），之后在铜#3制罐式蒸馏器中蒸馏两次。第一次在「酒汁蒸馏器」中蒸馏，产出酒精度 23% 的「低度酒」，接着进入「烈酒蒸馏器」再蒸馏。这一次，蒸馏液会被分成三个部份：酒头、酒心和酒尾。只有酒心会被保留下来进行熟成。酒头和酒尾会回收，与下一批低度酒一起蒸馏。
#3 铜
铜对威士忌的味道有重要的影响。因为铜会抓住重的元素，蒸馏师可以延长或限制酒精蒸气和铜之间的「对话」时间，创造出他们所期望的风格。
6.1 蒸馏选项（一）：短时间对话
对话时间愈短，最终的烈酒就愈厚重。使用小型蒸馏器和快速蒸馏，比较容易赋予这种特质。
6.2 蒸馏选项（二）：长时间对话
酒精蒸气和铜对话的时间愈长，最后的烈酒就愈轻盈。这代表高大的蒸馏器比小型的更能够生产出轻盈的烈酒。此外，让蒸馏器缓慢运转也能延长对话时间。
7. 蒸馏B 阶段：冷凝
酒精蒸气在通过一套装有冷水的冷凝装置后，变回液体。在这里蒸馏师能再一次选择如何影响风味。
7.1 冷凝选项（一）：壳管式
这是一种高大的柱型冷凝器，内有大量填充冷水的小铜管。当酒精蒸气接触到冷铜管，就会变回液体。因为具有较大的铜表面，壳管式冷凝器有助于使烈酒「轻化」。
7.2 冷凝选项（二）：虫桶式
这是传统的冷凝方式，使用的是盘绕在冷水槽中的一条长铜管。因为这种方式的铜接触较少，容易产生较厚重的烈酒。
8. 蒸馏C 阶段：切取酒心
当冷凝后的新酒从二次蒸馏器中流入烈酒保险箱，蒸馏师必须将它分成三个部分：酒头、酒心和酒尾。他在酒头、酒心与酒心、酒尾间选择的切取点，对风味也会有影响。
8.1 切取酒心选项（一）：早
在蒸馏过程中，酒的香气会改变。最初较为轻盈细致，如果蒸馏师希望制作一款芳香的威士忌，他会较早切取酒心。
8.2 切取酒心选项（二）：晚
随着蒸馏继续，香气加深，变得更富油质和浓郁：烟熏味的酒就是这一种。如果蒸馏师希望制作厚重的酒，就会选择较晚切取酒心。
9. 熟成
新酒会被稀释到酒精度63.5%，然后装入橡木桶中熟成。这些木桶通常都曾经盛装过波本威士忌或是雪莉酒。分为三个时期：
- 排除期：藉由木桶的帮助，消除刺激性的新酒特质。
- 赋予期：新酒吸收木桶中的风味化合物。
- 互动期：木桶和新酒的风味融合在一起，增加复杂度。熟成时间、木桶的新旧程度和橡木种类都会造成影响。
9.1 木桶选项（一）：波本桶
这种木桶以美国橡木制成，这个树种具有高含量的风味化合物，能使烈酒具有类似香草、焦糖布丁、松树、桉树、香料和椰子的香气。
9.2 木桶选项（二）：雪莉桶
这种木桶以欧洲橡木制成，能赋予水果干、丁香、沉香、核桃的香气。欧洲橡木的颜色较饱和，造成口感不甜的单宁含量也较高。
9.3 木桶选项（三）：二次填充桶
威士忌蒸馏业者可能会重复使用木桶很多次，使用的次数愈多，橡木种类对威士忌的影响愈少。二次填装桶对展现蒸馏厂特质有重要的作用。实务上，大部分的蒸馏业者会混合三种木桶，以增加风味的复杂度。
9.4 木桶选项（四）：换桶
在一，二或三木桶选项后，蒸馏师能藉由「换桶」为威士忌的风味做最后的修饰。这道手续是把熟成过的威士忌（通常来自波本桶或二次填充桶），在陈放过雪莉酒、波特酒、马德拉酒、葡萄酒等活性还很高的木桶中进行短时间的二次熟成，为威士忌注入这些木桶的特质。
10. 熟成：时间
威士忌熟成需要时间。逻辑上来说，威士忌在木桶中的时间愈长，木桶对威士忌的影响愈大，最后会压过威士忌的风味，让人无法辨别它来自哪家蒸馏厂。活性高的木桶能够较快产生这样的效果，而填充过多次的木桶则几乎没有效果。酒瓶上标示的年份仅说明了这瓶酒所用的威士忌中酒龄最轻者在木桶中停留的时间，并无法指出木桶的活性高低。老并不就代表好。
11. 装瓶
到这里，威士忌终于可以装瓶了，但还有最后几个决定要做。
11.1 要经过冷凝过滤吗？
这个步骤能防止威士忌变浊，但会降低口感。
11.2 要做焦糖调色吗？
添加焦糖有助于颜色标准化。
11.3 酒精度要多少？
法律规定威士忌的酒精度至少40%，最近「原桶强度」的麦芽威士忌愈来愈受欢迎。